Existem diferentes métodos de processamento, como processamento úmido, processamento seco e processamento semiúmido. No processamento úmido, os frutos são descascados, fermentados, lavados e secos. O processamento seco, café natural, envolve a secagem ao sol dos frutos inteiros antes da remoção da polpa e casca. O processamento semiúmido combina elementos dos métodos úmido e seco.
O café natural é obtido pelo método de processamento seco. Nesse método, os frutos do café são deixados para secar ao sol diretamente após a colheita. Eles são espalhados em pátios (terreiros) ou em estruturas elevadas para permitir a secagem completa. Durante esse processo, a polpa e a casca externa secam e se tornam mais fáceis de serem removidas posteriormente. Após a secagem, os grãos são descascados e classificados, resultando em café natural. Esse método de processamento é conhecido por acentuar as características de sabor e aroma do café, proporcionando um perfil de sabor mais frutado e doce.
O café CD, cereja descascado (ou "pulped cherry coffee" em inglês) é obtido pelo método de processamento conhecido como "via úmida-despolpado". Nesse método, os frutos maduros são colhidos e, em seguida, passam por um equipamento chamado despolpador, que remove a casca externa e parte da polpa dos frutos. Após o processo de despolpamento, os grãos de café, ainda cobertos pela mucilagem, são lavados para remover a camada viscosa. Em seguida, eles passam pelo processo de secagem, seja em pátios ou através de secagem mecânica. Esse método de processamento resulta em grãos de café cereja descascado, que geralmente têm um sabor mais limpo e brilhante em comparação com o café natural, com menos influência do açúcar da polpa.
É importante ressaltar que os métodos de processamento podem variar de acordo com a região produtora, infraestrutura disponível e as preferências dos produtores.